Novodobá história
V spolupráci s Volkswagenom prebehli úpravy modelu Favorit, ktorý je 5. septembra 1994 uvedený na trh pod názvom Škoda Felicia. V roku 1996 automobilka uvádza na trh model Škoda Octavia, založený na podvozkovej platforme ako Audi A3,VW Golf. Model Felicia je v roku 1998 faceliftovaný a jeho výroba definitívne končí v roku 2001, kedy je už nahradený modelom Škoda Fabia, ktorý je v produkcii od roku 1999. Model Octavia podstupuje facelift v roku 2000 a v roku 2004 prichádza jeho druhá generácia, pričom starý model ostáva vo výrobe pod názvom Octavia Tour. V roku 2006 je na trh uvedený model Roomster, o rok neskôr prichádza druhá generácia modelu Fabia a rok na to aj druhá generácia modelu Škoda Superb. Koncom roka sa faceliftu podrobuje model Octavia II. 3. marca 2009 automobilka na autosalóne v Ženeve predstavuje svoj piaty modelový rad Yeti a vstupuje ním do kategórie SUV.
Škoda Auto sa počas svojej existencie aktívne zúčastňuje automobilových závodov. Najmä období 70. a 80. rokov dosiahla viacerých úspechov v kategórii do 1 300 cm³.